Código auto-documentado é código escrito de forma clara, com nomes descritivos nas entidades (variáveis, funções, constantes, etc) e com uma estruturação lógica que facilita o entendimento. Levando a um exemplo extremo, a seção abaixo não é código auto-documentado:
/* Function f(string s1, string s2)
This function prints a name on the screen, formatting as "surname, name". s1 is the name and s2 is the surname.
*/
f(string s1, string s2)
{
...}
Nem que o comentário fosse no padrão doxygen, isto não seria código auto-documentado!
Agora um exemplo de auto-documentado:
//----------------------------------------------
// This function prints a name on the screen, formatting
// as "surname, name".
{
...
}